La investigación realizada en el CCMIJU está orientada a la realización de estudios que comparan los procedimientos quirúrgicos de mínima invasión con las técnicas quirúrgicas tradicionales, prestando una especial importancia a la investigación aplicada a la formación quirúrgica. Por lo tanto, las actividades de investigación y desarrollo tecnológico del CCMIJU están orientadas, en su mayor parte, a mejorar las intervenciones quirúrgicas.

Gracias a sus investigaciones se abren paulatinamente nuevas fronteras terapéuticas en Urología, Obstetricia y Ginecología, Gastroenterología, Cirugía Vascular, Oftalmología, Neurocirugía, Cirugía Plástica, Cirugía Cardiotorácica y Cirugía General.

Los avances conseguidos hasta la fecha han tenido su origen en la creación de grupos de trabajo multidisciplinares donde cirujanos, investigadores, ingenieros, informáticos, ilustradores, etc., aúnan esfuerzos y trabajan en el desarrollo de la cirugía de mínima invasión y de la tecnología aplicada a estas técnicas.

El CCMIJU cuenta con acreditaciones como Centro de Formación e Investigación Sanitaria, Centro Usuario de animales de experimentación, Centro de Innovación y Tecnología, Oficina de Transferencia de Resultados de Investigación y es Centro de Referencia para la enseñanza de técnicas endoscópicas (declarado por el Board de la European Society of Gastrointestinal Endoscopy –ESGE-). Posee la certificación (AENOR) en la norma ISO 9001:2000, en diseño de proyectos de investigación aplicada.

El CCMIJU, posee lo último en robótica y domótica, lo que le convierten en el más grande y el más sofisticado centro de investigación y formación en cirugía de mínima invasión. Cuenta con diez quirófanos experimentales, cuatro laboratorios, dos salas de formación -laparoscopia y microcirugía- y con equipos de diagnóstico y tratamiento de imagen de última generación. Sus laboratorios cuentan con los más modernos equipos para la práctica de Diagnóstico y Terapéutica Endoluminal, Laparoscopia, Endoscopia, Microcirugía, Anestesiología, Cirugía General y Terapia Celular.